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NGS Datenanalyse und Workflow Management
Veranstaltungsart
- Live-Online
Zielgruppe
Kursinhalte
Zur Zielgruppe gehören insbesondere Akademiker*innen der Biologie, Mikrobiologie, Biochemie, Chemie, Medizin, Mathematik und Physik.
Welche Voraussetzungen muss ich mitbringen?
Eine effiziente und qualitativ hochwertige Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) wird immer wichtiger, um biologisch-medizinische Fragestellungen zu beantworten. Mittels neuester Technologien des Next-Generation Sequencing wird dies ermöglicht, weshalb vermehrt bioinformatische Kenntnisse im Umgang mit sehr großen Datenmengen gefordert sind.
Fachlich:
- Grundkenntnisse in der Molekularbiologie, insbesondere Genetik/Genomik.
- Grundlegendes Verständnis von Molekular-/Sequenziertechnologien (PCR, DNA-Bibliotheken, Illumina-Sequenzierung).
- Erfahrungen in Linux/Bash, R und/oder Python sind erforderlich.
Technisch:
- Ein Computer mit freiem Festplattenspeicher von min. 30 GB.
- Betriebssystem Windows, Linux (Ubuntu / Virtuelle Maschine) oder Mac OSX.
- Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).
- Stabile Internetverbindung, Kamera, Lautsprecher und ein Mikro. Wir empfehlen zudem im Idealfall zwei, zumindest aber einen größeren Bildschirm.
Was erreiche ich mit der Weiterbildung?
In dieser online Weiterbildung erlernen Sie die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse. Neben dem Umgang mit großen NGS-Datensätzen und Datenformaten geht es um die Erstellung vollständiger DNA-Workflows in Galaxy und Snakemake/Nextflow. Von der Qualitätskontrolle hin zum Variant Call erlernen Sie zunächst die Erstellung von DNA-Workflows in Galaxy und übertragen diese Arbeitsschritte im Kursverlauf auf das Skript-basierte open-source Workflow-Management-System Snakemake/Nextflow. Mit Snakemake/Nextflow können unabhängig und reproduzierbar bioinformatische Pipelines erstellt werden, die eine automatische Ausführung aller für die Analyse notwendigen Schritte erlaubt.
Mit Abschluss der Weiterbildung haben Sie Folgendes gelernt:
- Detailverständnis von NGS-Dateiformaten (FASTQ, SAM/BAM, VCF).
- Bearbeitung großer NGS-Datensätze.
- Navigation über die Kommandozeile mit einfachen Bash-Befehlen im Dateisystem.
- Kennenlernen des Software-Managers Conda.
- Nutzung der Kommandozeile zur Anwendung analytischer Software.
- Anwendung von Open-Source-Software für alle analytischen Schritte.
- Erstellung eines kompletten DNA-Analyse-Workflows in Galaxy (von der Qualitätskontrolle bis zum Variant-Call).
- Dieses Wissen übertragen, um reproduzierbare und skalierbare Workflows in Snakemake/Nextflow zu erstellen.
Abschluss: Nach erfolgreicher Beendigung der Weiterbildung erhalten Sie ein Zertifikat der CQ Beratung+Bildung GmbH
Welche Themen enthält die Weiterbildung?
Modul 1: Analyse von NGS-Daten
- Einführung in NGS-Daten (Illumina, single- und paired-end Daten, phred quality scores)
- Kennenlernen von NGS-Datenformaten (FASTQ, SAM/BAM, VCF)
- Verarbeitung von Sequenzierdaten (Qualitätskontrolle, Trimming, Mapping)
- Erstellen eines Variant Call Workflows in Galaxy und Snakemake/Nextflow
- Visualisierung von NGS-Daten mit Integrated Genomic Viewer (IGV)
Modul 2: Einführung in Kommandozeilentools und Softwaremanagement
- Anwendung von Conda zur Erstellung und Verwaltung von Softwareumgebungen für die NGS-Datenanalyse
- Installation und Anwendung von Kommandozeilen-Tools (z.B. samtools, Trimmomatic)
Modul 3: Einführung in Workflow-Management-Systeme
- Grundprinzipien von NGS-Workflows mit Galaxy (browserbasiert)
- Erstellen von NGS-Workflows in Snakemake/Nextflow (skriptbasiert, Kommandozeile, Grundlagen bash)
Technische Voraussetzungen
- Ein Computer mit freiem Festplattenspeicher von min. 30 GB.
- Betriebssystem Windows, Linux (Ubuntu / Virtuelle Maschine) oder Mac OSX.
- Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).
- Stabile Internetverbindung, Kamera, Lautsprecher und ein Mikro. Wir empfehlen zudem im Idealfall zwei, zumindest aber einen größeren Bildschirm.
Kursdaten
Preis
für Selbstzahlende und Firmenkunden
1.489,00 €, MwSt.-befreit
10 Live-Online-Kurstage mit 8 Unterrichtseinheiten à 45 min, Unterrichtsprache: Englisch
Termine
Auf Anfrage
100 % Förderung mit Bildungsgutschein (BGS) der Arbeitsagentur bzw. des Jobcenters möglich
AZAV-Maßnahme-Nr.: 962/26/2024
Ihr Kontakt
Nassim El Masri
Christoph Knorr
Ansprechpartner*innen
Nassim El Masri
Christoph Knorr
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