NGS Datenanalyse und Workflow Management
Veranstaltungsart
- Live-Online
An wen richtet sich die Weiterbildung?
Zur Zielgruppe gehören insbesondere Akademiker*innen der Biologie, Mikrobiologie, Biochemie, Chemie, Medizin, Mathematik und Physik.
Welche Voraussetzungen muss ich mitbringen?
Eine effiziente und qualitativ hochwertige Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) wird immer wichtiger, um biologisch-medizinische Fragestellungen zu beantworten. Mittels neuester Technologien des Next-Generation Sequencing wird dies ermöglicht, weshalb vermehrt bioinformatische Kenntnisse im Umgang mit sehr großen Datenmengen gefordert sind.
Fachlich:
- Grundkenntnisse in der Molekularbiologie, insbesondere Genetik/Genomik.
- Grundlegendes Verständnis von Molekular-/Sequenziertechnologien (PCR, DNA-Bibliotheken, Illumina-Sequenzierung).
- Erfahrungen in Linux/Bash, R und/oder Python sind erforderlich.
Technisch:
- Ein Computer mit freiem Festplattenspeicher von min. 30 GB.
- Betriebssystem Windows, Linux (Ubuntu / Virtuelle Maschine) oder Mac OSX.
- Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).
- Stabile Internetverbindung, Kamera, Lautsprecher und ein Mikro. Wir empfehlen zudem im Idealfall zwei, zumindest aber einen größeren Bildschirm.
Was erreiche ich mit der Weiterbildung?
In dieser online Weiterbildung erlernen Sie die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse. Neben dem Umgang mit großen NGS-Datensätzen und Datenformaten geht es um die Erstellung vollständiger DNA-Workflows in Galaxy und Snakemake/Nextflow. Von der Qualitätskontrolle hin zum Variant Call erlernen Sie zunächst die Erstellung von DNA-Workflows in Galaxy und übertragen diese Arbeitsschritte im Kursverlauf auf das Skript-basierte open-source Workflow-Management-System Snakemake/Nextflow. Mit Snakemake/Nextflow können unabhängig und reproduzierbar bioinformatische Pipelines erstellt werden, die eine automatische Ausführung aller für die Analyse notwendigen Schritte erlaubt.
Mit Abschluss der Weiterbildung haben Sie Folgendes gelernt:
- Detailverständnis von NGS-Dateiformaten (FASTQ, SAM/BAM, VCF).
- Bearbeitung großer NGS-Datensätze.
- Navigation über die Kommandozeile mit einfachen Bash-Befehlen im Dateisystem.
- Kennenlernen des Software-Managers Conda.
- Nutzung der Kommandozeile zur Anwendung analytischer Software.
- Anwendung von Open-Source-Software für alle analytischen Schritte.
- Erstellung eines kompletten DNA-Analyse-Workflows in Galaxy (von der Qualitätskontrolle bis zum Variant-Call).
- Dieses Wissen übertragen, um reproduzierbare und skalierbare Workflows in Snakemake/Nextflow zu erstellen.
Abschluss: Nach erfolgreicher Beendigung der Weiterbildung erhalten Sie ein Zertifikat der CQ Beratung+Bildung GmbH
Welche Themen enthält die Weiterbildung?
- Einführung in NGS-Daten (Illumina, single- und paired-end Daten, phred quality scores)
- Kennenlernen von NGS-Datenformaten (FASTQ, SAM/BAM, VCF)
- Verarbeitung von Sequenzierdaten (Qualitätskontrolle, Trimming, Mapping)
- Erstellen eines Variant Call Workflows in Galaxy und Snakemake/Nextflow
- Visualisierung von NGS-Daten mit Integrated Genomic Viewer (IGV)
- Anwendung von Conda zur Erstellung und Verwaltung von Softwareumgebungen für die NGS-Datenanalyse
- Installation und Anwendung von Kommandozeilen-Tools (z.B. samtools, Trimmomatic)
- Grundprinzipien von NGS-Workflows mit Galaxy (browserbasiert)
- Erstellen von NGS-Workflows in Snakemake/Nextflow (skriptbasiert, Kommandozeile, Grundlagen bash)
Technische Voraussetzungen
- Ein Computer mit freiem Festplattenspeicher von min. 30 GB.
- Betriebssystem Windows, Linux (Ubuntu / Virtuelle Maschine) oder Mac OSX.
- Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).
- Stabile Internetverbindung, Kamera, Lautsprecher und ein Mikro. Wir empfehlen zudem im Idealfall zwei, zumindest aber einen größeren Bildschirm.
Nächster Termin
Auf Anfrage
Preis und Umfang
1.489,00 €, MwSt.-befreit
10 Live-Online-Kurstage mit 8 Unterrichtseinheiten á 45 min
Unterrichtsprache: Englisch
100 % Förderung mit Bildungsgutschein (BGS)
der Arbeitsagentur bzw. des Jobcenters möglich
Tipps und Informationen
- CQ ist als Bildungsanbieter AZAV-zertifiziert. Die Weiterbildung „Bioinformatik und Biostatistik“ ist für die Arbeitsförderung zugelassen. Das Thema NGS ist Teil des zertifizierten Kurses und kann mit Bildungsgutschein gefördert werden.
- Diese Weiterbildung wird ausschließlich auf Englisch unterrichtet. Wir beraten Sie gerne zu Ihren Teilnahmemöglichkeiten.
- Mit unserem Sprachcoaching Englisch für Naturwissenschaftler*innen, Laboranten*innen, medizinische Angestellte können Sie sich optimal auf die sprachlichen Anforderungen Ihrer Weiterbildung vorbereiten.
- Was unsere Kunden*innen sagen: zu den jetzt zu den Rezensionen.
- Sind oder waren Sie bereits Kund*in der CQ und zufrieden? Empfehlen Sie uns weiter und sichern Sie sich Ihren Prämiengutschein im Wert von 100 €. Sprechen Sie gerne unsere Kursleitung darauf an.
Ansprechpartner*innen
Nassim El Masri
Antje Sonntag
Tipps und Informationen
- CQ ist als Bildungsanbieter AZAV-zertifiziert. Die Weiterbildung „Bioinformatik und Biostatistik“ ist für die Arbeitsförderung zugelassen. Das Thema NGS ist Teil des zertifizierten Kurses und kann mit Bildungsgutschein gefördert werden.
- Diese Weiterbildung wird ausschließlich auf Englisch unterrichtet. Wir beraten Sie gerne zu Ihren Teilnahmemöglichkeiten.
- Mit unserem Sprachcoaching Englisch für Naturwissenschaftler*innen, Laboranten*innen, medizinische Angestellte können Sie sich optimal auf die sprachlichen Anforderungen Ihrer Weiterbildung vorbereiten.
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Nassim El Masri
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