CQ-Weiterbildung-BioinformatikDownload PDF Weiterbildung CQUnlocking your NGS-Data Skills:
NGS Datenanalyse und Workflow-Managementsysteme

Eine effiziente und qualitativ hochwertige Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) wird immer wichtiger, um biologisch-medizinische Fragestellungen zu beantworten. Mittels neuester Technologien des Next-Generation Sequencing wird dies ermöglicht, weshalb vermehrt bioinformatische Kenntnisse im Umgang mit sehr großen Datenmengen gefordert sind. 

In dieser (berufsbegleitenden) Weiterbildung erlernen Sie die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse. Neben dem Umgang mit großen NGS-Datensätzen und Datenformaten geht es um die Erstellung vollständiger DNA-Workflows in Galaxy und Snakemake. Von der Qualitätskontrolle hin zum Variant Call erlernen Sie zunächst die Erstellung von DNA-Workflows in Galaxy und übertragen diese Arbeitsschritte im Kursverlauf auf das Skript-basierte open-source Workflow-Management-System Snakemake. Mit Snakemake können unabhängig und reproduzierbar bioinformatische Pipelines erstellt werden, die eine automatische Ausführung aller für die Analyse notwendigen Schritte erlaubt.

Hinweis: Diese Weiterbildung wird ausschließlich auf Englisch unterrichtet. Wir beraten Sie gerne zu Ihren Teilnahmemöglichkeiten.

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Inhalte der Weiterbildung

1. Analyse von NGS-Daten

  • Einführung in NGS-Daten (Illumina, single- und paired-end Daten, phred quality scores)
  • Kennenlernen von NGS-Datenformaten (FASTQ, SAM/BAM, VCF)
  • Verarbeitung von Sequenzierdaten (Qualitätskontrolle, Trimming, Mapping)
  • Erstellen eines Variant Call Workflows in Galaxy und Snakemake
  • Visualisierung von NGS-Daten mit Integrated Genomic Viewer (IGV)

2. Einführung in Kommandozeilentools und Softwaremanagement

  • Anwendung von Conda zur Erstellung und Verwaltung von Softwareumgebungen für die NGS-Datenanalyse
  • Installation und Anwendung von Kommandozeilen-Tools (z.B. Bowtie2, BWA-MEM, samtools, Trimmomatic, freebayes)

3. Einführung in Workflow-Management-Systeme

  • Grundprinzipien von NGS-Workflows mit Galaxy (browserbasiert)
  • Erstellen von NGS-Workflows in Snakemake (skriptbasiert, Kommandozeile, Grundlagen bash)
Ablauf der Weiterbildung

Struktur CQ Weiterbildung NGS

Voraussetzungen

Fachlich:

  • Grundkenntnisse in der Molekularbiologie, insbesondere Genetik/Genomik.
  • Grundlegendes Verständnis von Molekular-/Sequenziertechnologien (PCR, DNA-Bibliotheken, Illumina-Sequenzierung).
  • Es sind keine Programmierkenntnisse erforderlich, allerdings Interesse daran, den Umgang mit Kommandozeilen-Tools zu erlernen.

Technisch:

  • Ein Computer mit freiem Festplattenspeicher von min. 30 GB.
  • Betriebssystem Linux (Ubuntu / Virtuelle Maschine) oder Mac OSX.
  • Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).
  • Stabile Internetverbindung, gute Lautsprecher und ein Mikro. Wir empfehlen zudem im Idealfall zwei, zumindest aber einen größeren Bildschirm.
Perspektiven

Mit Abschluss der Weiterbildung haben Sie Folgendes gelernt:

  • Detailverständnis von NGS-Dateiformaten (FASTQ, SAM/BAM, VCF).
  • Bearbeitung großer NGS-Datensätze.
  • Navigation über die Kommandozeile mit einfachen Bash-Befehlen im Dateisystem.
  • Kennenlernen des Software-Managers Conda.
  • Nutzung der Kommandozeile zur Anwendung analytischer Software.
  • Anwendung von Open-Source-Software für alle analytischen Schritte.
  • Erstellung eines kompletten DNA-Analyse-Workflows in Galaxy (von der Qualitätskontrolle bis zum Variant-Call).
  • Dieses Wissen übertragen, um reproduzierbare und skalierbare Workflows in Snakemake zu erstellen.

Abschluss: Nach erfolgreicher Beendigung der Weiterbildung erhalten Sie ein Zertifikat der CQ Beratung+Bildung GmbH

Fördermöglichkeiten

Eine Übersicht der diversen Möglichkeiten finden Sie in unserer Liste der Fördermittel.